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理想的工業發酵菌種要有以下之特性:
1. 遺傳性狀穩定。
2. 生長速度快，不易被其他微生物汙染。
3. 目標產物的產量接近理論轉化率。
4. 目標產物最好能分泌至細胞外，以便降低產物抑制(回饋抑制)並利於分離。
5. 減少產物類似物之產生(analog)，以提高目標產物之產量並利於分離。
6. 培養基成分簡單、來源輕易取得、便宜。
7. 對環境不敏感，例如:溶氧要求低、溫度、PH值、離子強度、剪切利.......(好培養)。
8. 本身不能是病原菌。
有以上基礎特性的微生物只是育種門檻，我們還要挑選出符合需要的微生物(篩選)，至於如何挑選，可參考下方說明:
1. 根據相關資訊、條件向菌種保藏機構、工廠、科研單位直接索取。
2. 根據所需菌種的型態、生理、生態、工藝特點的要求，從自然界中分離出新菌株(土壤是微生物的天堂)。
挑選出來後，緊接著就是培育了。
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